در سال 57 هجری در شهر مدینه ستاره‌ای دیگر از ستارگان آسمان امامت و ولایت بدرخشید و با نور خود، عالم را منور نمود. نام او «محمد» و کنیه‌اش «ابوجعفر» بود که بعدها به «باقر» ملقب گشت.

پدرش امام زین العابدین پیشوای چهارم شیعیان و مادرش «ام عبدالله» دختر امام حسن مجتبی بودند، از این جهت هم از نظر پدر و هم از نظر مادر فاطمی و علوی بوده است.

آن حضرت در سال 94 بعد از فوت پدر گرامی‌اش عهده دار مقام امامت و زعامت شیعیان جهان شد و در سال 114 هجری در شهر مدینه رحلت نمود و در قبرستان بقیع در کنار قبر پدر و جدش به خاک سپرده شد.[1]‏‏

دوران پر فروغ امامت آن حضرت با برخی از خلفای بنی امیه مقارن بود که عبارتند از:

1 ـ ولید بن عبدالملک (86 ـ 96)

2 ـ سلیمان بن عبدالملک (96 ـ 99)

ـ عمر بن عبدالعزیز (99 ـ 101)

ـ یزید بن عبدالملک (101 ـ 105)

5 ـ هشام بن عبدالملک (105 ـ 125)

این دوران گرچه با ظلم، فساد و هوسرانی دستگاه خلافت بنی امیه همراه بود و امام در شرائط سخت و دشواری به تبلیغ احکام و مبانی اعتقادی اسلام می‌‌پرداخت، ولی نسبت به دوران زندگی دیگر ائمه وضعیتی نسبتا آرام داشت.

آغاز امامت آن حضرت که با حکمرانی ولید بن عبدالملک مقارن بود، دستگاه خلافت بنی امیه در صدد کشورگشایی و گسترش قلمرو حکومت خود بود، از این رو جامعه اسلامی در داخل با فشارهای سیاسی کمتری همراه بود، همچنین «سلیمان» برادر «ولید» در مدت کوتاه خلافت خود درهای زندان‌های عراق را گشود و تمام زندانیان بی‌گناه را که «حجاج بن یوسف» در بند کشیده بود، آزاد ساخت، و بعد از این دو «عمر بن عبدالعزیز» در زمان خلافتش خدمات زیادی را انجام داد، از جمله خدمات او عبارتند از: مبارزه با تبعیض و فساد[2]، ممنوع کردن سبّ علی که از زمان معاویه‌ـ لعنهٔ‌الله‌علیه ـ رواج پیدا کرده بود،[3] و برگرداندن فدک به خاندان اهل‌بیت.

امام باقر از این موقعیت نهایت استفاده را برد و زیربنای یک جنبش عظیم علمی و فکری را پایه گذاری نمود که بعد از ایشان در زمان امامت امام صادق به تکامل رسید.

[1] . الارشاد، شیخ مفید، مؤسسهٔ الاعلمی، ص 262؛ بحارالانوار، مجلسی، موسسه الوفاء، ج 46، ص 213.

[2] . تاریخ الخلفاء، سیوطی، مطبعهٔ المدنی، ص 232.

[3] . شرح نهج البلاغه، ابن ابی الحدید، منشورات مکتبه آیت الله العظمی مرعشی نجفی، ج 3، ص 57.

[4] . سیره پیشوایان، مهدی پیشوایی، موسسه امام صادق، ص 321.