از دیگر بحران‌‌های عصر امام باقر وجود افکار التقاطی و انحرافی است. در این عصر گروه‌‌هایی همچون، معتزله و مرجئه و خوارج به تبلیغ و نشر افکار و آراء خود می‌پرداختند و این امر باعث شده بود، هر گروهی قائل به قرائت‌های مختلف از دین شوند.

امام باقر نیز در برابر نفوذ عقائد باطل آنان موضع می‌گرفت و طی مناظراتی که با سران این گروه‌ها داشت، پایگاه‌های فکری و عقیدتی آنان را در هم می‌کوبید و بی‌پایگی عقایدشان را با دلایل روشن ثابت می‌کرد.‏‏[1]

[1] . ر.‏‏ ک: طبرسی، الاحتجاج، قم، دارالاسوه، الطبعهٔ الثانیهٔ، 1416 هـ.‏‏ ق، ج 2، ص 163 ـ 193.