امام باقر7 نیز چون زمینه قیام بالسیف (قیام مسلحانه) در آن زمان ـ به علت خفقان فراوان و كمبود حماسه آفرینان ـ فراهم نبود، از این رو، نشر معارف اسلام و فعالیت علمى را و هم مبارزه عقیدتى و معنوى با سازمان حكومت اموى را، از این طریق مناسب‌تر می‌دید، و چون حقوق اسلام هنوز یك دوره كامل و مفصل تدریس نشده بود، به فعالیت‌هاى ثمر بخش علمى در این زمینه پرداخت.

اما بدین خاطر كه نفس شخصیت امام و سیر تعلیمات او ـ در ابعاد و مرزهاى مختلف ـ بر ضرر حكومت بود، مورد اذیت و ایذاء دستگاه قرار می‌گرفت.

در عین حال امام هیچگاه از اهمیت تكلیفى شورش (علیه دستگاه) غافل نبود، و از راه دیگرى نیز آن را دامن می‌زد: و آن راه، تجلیل و تأیید برادر شورشیش زید بن على بن الحسین7 بود.

روایاتى در دست است كه وضع امام محمد باقر7 كه خود ـ در روزگارش ـ مرزبان بزرگ فكرى و فرهنگى بوده و نقش مهمى در نشر اخلاق و فلسفه اصیل اسلامى و جهان بینى خاص قرآن، و تنظیم مبانى فقهى و تربیت شاگردانى مانند امام شافعى و تدوین مكتب داشته، موضع انقلابى برادرش زید را نیز تأیید می‌كرده است چنانكه نقل شده امام محمد باقر7 می‌فرمود: خداوندا پشت من را به زید محكم كن.

و نیز نقل شده است كه روزى زید بر امام باقر7 وارد شد، چون امام7 زید بن على را دید، این آیه را تلاوت كرد: ﴿يٰا أَيُّهَا الَّذينَ آمَنُوا كُونُوا قَوَّامينَ بِالْقِسْطِ شُهَداءَ لِلّـَه‏﴾.

یعنى: اى مؤمنان، بر پاى دارندگان عدالت باشید و گواهان، خداى را.

آنگاه فرمود: اى زید، به خدا سوگند تو نمونه عمل به این آیه‌اى.

می‌دانیم كه زید برادر امام محمد باقر7 كه تحت تأ ثیر تعلیمات ائمه: براى اقامه عدل و دین قیام كرد.

سرانجام علیه هشام به عبدالملك اموى، در سال (120 یا 122) زمان امامت امام جعفر صادق7 خروج كرد و دستگاه جبار، ناجوانمردانه او را به قتل رساند.

بدن مقدس زید را سال‌ها بردار كردند و سپس سوزانیدند.

و چنانكه تاریخ می‌نویسد: گرچه نهضت زید نیز به نتیجه‌اى نینجامید و قیام‌هاى دیگرى نیز كه در این دوره به وجود آمد، از جهت ظاهرى به نتایجى نرسید، ولى این قیام‌ها و اقدام‌ها در تاریخ تشیع موجب تحرك و بیدارى و بروز فرهنگ شهادت علیه دستگاه جور به شمار آمده و خون پاك شیعه را در جوشش و غلیان نگه‌داشته و خط شهادت را تا زمان ما در تاریخ شیعه ادامه داده است.

امام باقر7 و امام صادق7 گرچه به ظاهر به این قیام‌ها دست نیازیدند، كه زمینه را مساعد نمی‌دیدند، ولى در هر فرصت و موقعیت به تصحیح نظر جامعه درباره حكومت و تعلیم و نشر اصول اسلام و روشن كردن افكار، كه نوعى دیگر از مبارزه است، دست زدند.

چه در این دوره، حكومت اموى رو به زوال بود و فتنه عباسیان دامنگیر آنان شده بود، از این رو بهترین فرصت براى نشرافكار زنده و تربیت شاگردان و آزادگان و ترسیم خط درست حكومت، پیش آمده بود و در حقیقت مبارزه سیاسى به شكل پایه‌ریزى و تدوین اصول مكتب ـ كه امرى بسیار ضرورى بود ـ پیش آمد.

اما چنان كه اشاره شد، دستگاه خلافت آنجا كه پاى مصالح حكومتى پیش می‌آمد و احساس می‌كردند امام7 نقاب از چهره ظالمانه دستگاه برمی‌گیرد و خط صحیح را در شناخت امام معصوم7 و امامت كه دنباله خط رسالت و بالاخره حكومت الله است تعلیم می‌دهد، تكان می‌خوردند و دست به ایذاء و آزار و شكنجه امام7 می‌زدند و گاه به زجر و حبس و تبعید..‏‏.