دومین منبع در دوره غیبت کبری، کتاب الغیبهٔ اثر شاگرد شیخ مفید، یعنی شیخ طوسی (متوفای 460 هـ. ق) است. وی به تفصیل جریان اسارت و به سامرا آمدن مادر امام زمان4 را نقل می‌کند.

شیخ طوسی در این کتاب جدیدترین استدلالات، هم از نظر روایتی و هم از لحاظ کلامی را در توجیه غیبت کبری امام دوازدهم به کار می‌برد و با استفاده از احادیث و استدلال عقلی ثابت می‌کند که امام دوازدهم حضرت مهدی4 است که باید در پرده غیبت به سر برد.

«شیخ طوسی» اطّلاعات تاریخ موثّقی را در مورد فعالیت‌های مخفی چهار نائب خاصّ امام دوازدهم، به نقل از کتاب مفقود شده‌ای تحت عنوان «الاخبار الوکلاء الاربعه» نوشته «احمد بن نوح بصری» ارائه می‌دهد.