از جمله مسائل بنیادین در حقوق اسلامی، تبیین دقیق رابطه جهاد با آزادی عقیده است. گروهی بر این باورند که تشریع جهاد، نمایانگر موضع منفی دین در برابر آزادی عقیده است.

شهید مطهری این گونه و فهم و برداشت از آیات قرآنی را از سر کم دقتی و یا بی دقتی دانسته و براین نکته تأکید می‌ورزد که اصولاً در اسلام جهاد وقتی تشریع شده که مسلمانان زیر شکنجه و اذیت و آزار کافران بودند. نخستین آیاتی که درباره جهاد فرود آمده، دلیل این ادعا است:

﴿انّ اللهَ یُدَافِعُ عَن الَّذِینَ آمَنُوا إنَّ اللَّـهَ لَایُحِبّ کُلَّ خوَّانِ کَفُور. اَذِنَ لِلَّذِینَ یُقٰاتِلُونَ بِأنَّهُم ظَلَمُوا وَ اَنَّ اللهَ عَلَی نَصْرَهُم لقَدِیر. الَّذِینَ اَخْرَجُوا مِن دِیٰارِهِم بِغَیرِحَقّ إِلاّ اَن یَقُولُوا رَبَّنا الله وَ لَولا دَفعُ الله النَّاس بَعْضَهُم بِبَعضِ لَهُدِّمَت صَوامِعُ وَ بَیْعُ وَ صَلَواتُ وَ مَساجِدَ یَذْکُر فِیها اسمُ اللِّـه کَثِیرَاً وَ لِیُنْصِرَنَّ الله مَنْ یَنْصُرِهِ اِنَّ الله لَقَویٌّ عَزِیز. الَّذِینَ إن مَکَّنّاهُم فِی الأَرْضِ أقٰامُوا الصَّلاةُ وَ آتَوُا الزَّکٰاة وَ أمُروا بِالمَعرُوفِ وَ نُهُوا عَنِ المُنْکَرِ وَ لله عٰاقِبَة الاُمور﴾[1]

ایشان در این زمینه می‌نویسد:

(ببینید لحن آیات این است: «ان ّالله یدافع عن الذین آمنوا»؛ خدا از اهل ایمان دفاع می‌کند، خدا خیانتکارهای کافرپیشه را دوست ندارد. اشاره به این که اینها به شما خیانت کردند، اینها کفران نعمت کردند. آن وقت می‌فرماید: «اذن للذین یقاتلونهم بأنّهم ظلموا»؛ اجازه داده شد به این مردمی که دیگران به جنگ اینها آمدند که بجنگید؛ یعنی‌‌ای مسلمانان حالا که کافران به جنگ شما آمده‌اند پس بجنگید. این درست حالت دفاع است.

چرا این اجازه داده شده؟ به دلیل این که مظلوم باید از خودش دفاع کند، بعد هم وعده یاری می‌دهد: «وانّ الله علی نصرهم لقدیر. الذین اخرجوا من دیارهم بغیر حقّ الا ان یقولوا ربّنا الله». … قرآن می‌گوید: اگر در مواقعی که تهاجم از نقطه مقابل شروع می‌شود، این طرف دفاع نکند، سنگ روی سنگ بند نمی‌شود، تمام مراکز عبادت نیز از میان می‌رود: «ولولا دفع الناس بعضهم ببعض لهدّمت صوامع و بیع و صلوات و مساجد یذکر فیها اسم الله»[2] و [3]

استاد شهید برای آن که نشان دهد تشریع جهاد در اسلام به منظور تحمیل عقاید بر دیگران نیست آیات را به دو دسته تقسیم می‌کند:

[1] . سوره حج / 38 – 41 .

[2] . حج / 40.

[3] . مطهری، مرتضی، جهاد ، 19 20.