عملکرد مامون به گونه‌ای بوده است که بسیاری از مورخین او را شیعه می‏دانند، و می‏گویند از علمای شیعه بوده است. این مرد مباحثاتی منطقی با علمای اهل تسنن داشته است که در متن تاریخ ضبط است. چند سال پیش یک قاضی سنی اهل ترکیه‏ای کتابی نوشته بود که به فارسی نیز ترجمه شد به نام‏ «تشریح و محاکمه درباره آل محمد». در آن کتاب، مباحثه مامون با علمای اهل تسنن درباره خلافت ‏بلا فصل حضرت امیر7 نقل شده است. نوشته‏اند زمانی خود مامون گفت: اگر گفتید چه کسی تشیع را به من آموخت؟ گفتند چه کسی؟ گفت: پدرم هارون. من درس تشیع را از پدرم هارون آموختم. گفتند: پدرت هارون که با شیعه و ائمه شیعه از همه دشمن‏تر بود. گفت: در عین حال قضیه از همین قرار است. در یکی از سفرهایی که پدرم به حج رفت، ما همراهش بودیم. من بچه بودم، همه به دیدنش می‏آمدند، مخصوصاً مشایخ، معاریف و کبار. دستور داده بود هر کسی که می‏آید، اول خودش را معرفی کند، یعنی اسم خودش و پدرش و اجدادش را تا جد اعلایش بگوید تا خلیفه بشناسد که او از قریش است ‏یا از غیر قریش؛ و اگر از انصار است، ‏خزرجی است ‏یا اوسی. هر کسی که می‏آمد، اول دربان نزد هارون می‏آمد و می‏گفت: فلان کس با این اسم و این اسم پدر و غیره آمده است. روزی دربان آمد گفت آن کسی که به دیدن خلیفه آمده است می‏گوید: «بگو موسی بن جعفر بن محمد بن علی بن الحسین بن علی بن ابی طالب.» تا این را گفت، پدرم از جا بلند شد، گفت: بگو بفرمایید، و بعد گفت: همان طور سواره بیایند و پیاده نشوند؛ و به ما دستور داد که از ایشان استقبال کنیم. ما رفتیم. مردی را دیدیم که آثار عبادت و تقوا در ظاهرش کاملا هویدا بود. نشان می‏داد که از آن عباد است. سواره بود که می‏آمد، پدرم از دور فریاد کشید: شما را سوگند می‏دهم که همین طور سواره نزدیک بیایید، و او چون اصرار زیاد پدرم را دید یک مقدار روی فرش‌‌ها سواره آمد. به امر هارون دویدیم رکابش را گرفتیم و او را پیاده کردیم. هارون وی را بالا دست‏ خودش نشاند و مؤدب نشست، و بعد سؤال و جواب‌هایی کرد:

ـ عائله ‏تان چند نفرند؟ معلوم شد عائله‏اش خیلی زیاد است.

ـ وضع زندگیتان چطور است؟ امام پاسخ دادند.

ـ عوایدتان از کجا تأمین می‌شود؟

پس از این سوال و جواب‌‌ها وی رفت. وقتی خواست ‏برود پدرم به ما گفت: بدرقه کنید، در رکابش بروید. و ما به امر هارون تا در خانه‏اش در بدرقه‏اش رفتیم، که او آرام به من گفت تو خلیفه خواهی شد و من یک توصیه بیشتر به تو نمی‏کنم و آن این که با اولاد من بدرفتاری نکن.

ما نمی‏دانستیم این کیست. برگشتیم. من از همه فرزندان ناراحت تر بودم، وقتی خلوت شد به پدرم گفتم این کی بود که تو این قدر او را احترام کردی؟ خنده‏ای کرد و گفت: اگر راستش را بخواهی این مسندی که ما بر آن نشسته‏ایم مال اینهاست. گفتم آیا به این حرف اعتقاد داری؟ گفت: اعتقاد دارم. گفتم: پس چرا واگذار نمی‏کنی؟ گفت: مگر نمی‏دانی «الملک عقیم»؟ تو که فرزند من هستی، اگر بدانم که مدعی من می‌شوی، آنچه را که چشمهایت در آن قرار دارد از روی تنت ‏بر می‏دارم.

پس از مدتی هارون شروع کرد به صله دادن. پول‌های گزاف برای افراد می‏فرستاد، پول هایی به میزان پنج هزار دینار زر سرخ، چهارهزار دینار زر سرخ و غیره. من فکر کردم لابد پولی که برای این مردی که این قدر برایش احترام قائل است می‏فرستد خیلی زیاد خواهد بود. ولی دیدم کمترین پول را برای او فرستاد؛ یعنی دویست دینار. سؤال کردم که علت این کار چیست؟ گفت: مگر نمی‏دانی اینها رقیب ما هستند. سیاست ایجاب می‏کند که اینها همیشه تنگدست‏ باشند و پول نداشته باشند؛ زیرا اگر زمانی امکانات اقتصادی ‏شان زیاد شود، یک وقت ممکن است که صد هزار شمشیر علیه پدر تو قیام کند.