چرا هارون دستور دستگیری امام را داد؟ پاسخ روشن است: خلیفه به موقعیت اجتماعی امام حسادت می‏ورزید و احساس خطر می‏کرد، او برای حکومتش احساس امنیت نداشت. زمانی که هارون تصمیم می‏گرفت ولایتعهدی را برای پسرش امین، و بعد از او برای دیگر پسرانش مامون و مؤتمن تثبیت کند؛ علما و برجستگان شهرها را دعوت می‏نمود تا همگی در آن سال به مکه بروند چرا که می‌خواست در آنجا از همه بیعت ‏بگیرد. اما برای چنین برنامه‌ای مانعی بزرگ وجود داشت و آن مانع امام کاظم7 بود. آن کسی که اگر در آن جمع حضور می‌داشت و چشم‌ها به او می‌افتاد، این فکر در اذهان ایجاد می‌شد که آن کسی که ‏برای خلافت لیاقت دارد امام کاظم7 است و در اینجا قطعا نقشه‌های هارون به هم می‌خورد. پس وقتی که به مدینه آمد، دستور زندانی کردن امام را داد.

در تاریخ آمده است که یحیی برمکی به اطرافیانش گفت: من گمان می‏کنم خلیفه ظرف امروز و فردا دستور بدهد موسی بن جعفر را توقیف کنند. گفتند: چطور؟ گفت: من همراهش بودم که به زیارت حضرت رسول در مسجدالنبی رفتیم، وقتی که خواست‏ به پیغمبر سلام بدهد، دیدم این گونه سلام می‏گوید: السَّلَامُ عَلَيْكَ يَا ‏ ابن العم یا رَسُولِ اللّـهَ‏. بعد گفت: من از شما معذرت می‌خواهم که مجبورم فرزند شما موسی بن جعفر را توقیف کنم.

بالاخره هارون دستور داد جلادهایش به سراغ امام بروند. اتفاقا امام در خانه نبود. ایشان به مسجد پیغمبر رفته بود. سربازها به مسجد رفتند و وقتی وارد شدند که امام در حال نماز بود. مهلت ندادند که موسی بن جعفر نمازش را تمام کند، در همان حال نماز، ایشان را کشان کشان از مسجد پیغمبر بیرون بردند که حضرت نگاهی به قبر رسول اکرم کرد و عرض کرد: السَّلَامُ عَلَيْكَ يَا ‏رَسُولِ اللّـَه‏، السَّلَامُ عَلَيْكَ يَا جَداه، ببین امت تو با فرزندان تو چه می‏کنند؟!

چرا هارون این اعمال را انجام داد؟ مگر امام قیامی بر پا کرده بود؟ از مسلمات تاریخ است که ایشان قیام نکرده بود ولی وجود خود امام برای هارون و حکومتش خطر داشت، چون خلیفه می‌خواست برای ولایتعهدی فرزندانش بیعت‏ بگیرد؛ هارون نگران بود که امام اعلام نماید هارون و فرزندانش غاصب خلافتند.