امام موسی بن جعفر7 بعد از رحلت پدر عالیقدرش اداره کننده فکری و علمی دانشگاه وسیع و بزرگی بود که از پدر به میراث باقیمانده بود. دانشگاهی که مدیریت علمی آن بعهده امام واگذار گردید در حال توسعه و گسترش و دربر گیرنده هزاران دانشجو و استاد بود که در کلاس‌های مختلف آن از مکتب پر فیض امام صادق7 دانش آموخته و اکنون در طی مدارج عالی‌تری از دانش و فضیلت بودند.
گروه‌های متعددی از متکلمین و فقها، و فلاسفه و محدثین و مفسرین و ریاضیون و مورخین، و رجالیون و ادبا و شعرا و دیگر طبقات مختلف علمی اکنون متوجه مقام علمی الهی امام موسی بن جعفر گردیده‌اند و از کمالات و فضائل و دانش بی پایان او استفاضه می‌نمایند. و گرد شمع وجود او را فرا گرفته‌اند تا مبانی مکتب فکری و علمی اسلامی را غنی تر و پربارتر سازند و نور درخشان اسلامی را روشن تر و تابان تر نمایند. امام موسی بن جعفر7 دانشمندترین و با فضیلت‌ترین مردم عصر خود بود و علم و دانش او همانند انبیاء و رجال الهی از منبع پر فیض الهام و کرامت الهی سرچشمه گرفته بود و در مکتب تربیتی خاندان رسالت و طهارت تکمیل و سرشار گردیده بود. امام صادق7 در تصدیق دانش و آگاهی‌های علمی او می‌فرماید:
فرزندم موسی به حدی آمادگی علمی دارد که اگر از تمام محتویات قرآن از او پرسش نمائی با دانش و علم کافی که دارد به تو پاسخ قانع کننده‌ای می‌دهد. او کانون حکمت، فهم، معرفت و اندیشه است.
در وسعت و تبحر علمی او کافی است که در نظر آوریم که دانشمندان و محدثین در فنون مختلف اسلامی از وی حقایقی نقل کرده‌اند که کتاب‌ها و دفاتر خود را با آنها پر ساخته‌اند به حدی که آن حضرت با لقب «عالم» شهرت یافته است.
