اختلافات سیاسی بین امویان و عباسیان و تقسیم شدن اسلام به فرقه‌های مختلف و ظهور عقاید مادی و نفوذ فلسفه یونان در کشورهای اسلامی، موجب پیدایش یک نهضت علمی گردید. نهضتی که پایه‌های آن بر حقایق مسلم استوار بود. چنین نهضتی لازم بود، تا هم حقایق دینی را از میان خرافات و موهومات و احادیث جعلی بیرون کشد و هم در برابر زندیقها و مادیها با نیروی منطق و قدرت استدلال مقاومت کند و آرای سست آنها را محکوم سازد. گفتگوهای علمی و مناظرات آن حضرت با افراد دهری و مادی مانند «ابن ابی العوجاء» و «ابو شاکر دیصانی» و حتی «ابن مقفع» معروف است.

به وجود آمدن چنین نهضت علمی در محیط آشفته و تاریک آن عصر، کار هر کسی نبود، فقط کسی شایسته این مقام بزرگ بود که مأموریت الهی داشته باشد و از جانب خداوند پشتیبانی شود، تا بتواند به نیروی الهام و پاکی نفس و تقوا وجود خود را به مبدأ غیب ارتباط دهد، حقایق علمی را از دریای بیکران علم الهی به دست آورد، و در دسترس استفاده گوهرشناسان حقیقت قرار دهد.

تنها وجود گرامی حضرت صادق7 می‌توانست چنین مقامی داشته باشد، تنها امام صادق7 بود که با کناره گیری از سیاست و جنجالهای سیاسی از آغاز امامت در نشر معارف اسلام و گسترش قوانین و احادیث راستین دین مبین و تبلیغ احکام و تعلیم و تربیت مسلمانان کمر همت بر میان بست. زمان امام صادق7 در حقیقت عصر طلایی دانش و ترویج احکام و تربیت شاگردانی بود که هر یک مشعل نورانی علم را به گوشه و کنار بردند و در «خودشناسی» و «خداشناسی» مانند استاد بزرگ و امام بزرگوار خود در هدایت مردم کوشیدند.

در همین دوران درخشان ـ در برابر فلسفه یونان ـ کلام و حکمت اسلامی رشد کرد و فلاسفه و حکمای بزرگی در اسلام پرورش یافتند. همزمان با نهضت علمی و پیشرفت دانش بوسیله حضرت صادق7 در مدینه، منصور خلیفه عباسی که از راه کینه و حسد، به فکر ایجاد مکتب دیگری افتاد که هم بتواند در برابر مکتب جعفری استقلال علمی داشته باشد و هم مردم را سرگرم نماید و از خوشه چینی از محضر امام7 بازدارد.

بدین جهت منصور مدرسه‌ای در محله «کرخ» بغداد تأسیس نمود. منصور در این مدرسه از وجود ابو حنیفه در مسائل فقهی استفاده نمود و کتب علمی و فلسفی را هم دستور داد از هند و یونان آوردند و ترجمه نمودند، و نیز مالک را ـ که رئیس فرقه مالکی است ـ بر مسند فقه نشاند، ولی این مکتب‌ها نتوانستند وظیفه ارشاد خود را چنانکه باید انجام دهند.

امام صادق7 مسائل فقهی و علمی و کلامی را که پراکنده بود، به صورت منظم درآورد، و در هر رشته از علوم و فنون شاگردان زیادی تربیت فرمود که باعث گسترش معارف اسلامی در جهان گردید. دانش گستری امام7 در رشته‌های مختلف فقه، فلسفه و کلام، علوم طبیعی و... آغاز شد. فقه جعفری همان فقه محمدی یا دستورهای دینی است که از سوی خدا به پیغمبر بزرگوارش از طریق قرآن و وحی رسیده است.

بر خلاف سایر فرقه‌‌ها که بر مبنای عقیده و رأی و نظر خود مطالبی را کم یا زیاد می‌کردند، فقه جعفری توضیح و بیان همان اصول و فروعی بود که در مکتب اسلام از آغاز مطرح بوده است. ابو حنیفه رئیس فرقه حنفی درباره امام صادق7 گفت: من فقیه تر از جعفرالصادق کسی را ندیده‌ام و نمی شناسم. فتوای بزرگ‌ترین فقیه جهان تسنن شیخ محمد شلتوت رئیس دانشگاه الازهر مصر که با کمال صراحت عمل به فقه جعفری را مانند مذاهب دیگر اهل سنت جایز دانست ـ در روزگار ما ـ خود اعترافی است بر استواری فقه جعفری و حتی برتری آن بر مذاهب دیگر. و اینها نتیجه کار و عمل آن روز امام صادق7 است.

در رشته فلسفه و حکمت حضرت صادق7 همیشه با اصحاب و حتی کسانی که از دین و اعتقاد به خدا دور بودند مناظراتی داشته است. نمونه‌ای از بیانات امام7 که در اثبات وجود خداوند حکیم است، به یکی از شاگردان واصحاب خود به نام «مفضل بن عمر» فرمود که در کتابی به نام «توحید مفضل» هم اکنون در دست است. مناظرات امام صادق7 با طبیب هندی که موضوع کتاب «اهلیلجه» است نیز نکات حکمت آموز بسیاری دارد که گوشه‌ای از دریای بیکران علم امام صادق7 است. برای شناسایی استاد معمولا دو راه داریم، یکی شناختن آثار و کلمات او، دوم شناختن شاگردان و تربیت شدگان مکتبش.

کلمات و آثار و احادیث زیادی از حضرت صادق7 نقل شده است که ما حتی قطره‌ای از دریا را نمی توانیم به دست دهیم مگر «نمی از یمی». اما شاگردان آن حضرت هم بیش از چهار هزار بوده‌اند، یکی از آنها «جابر بن حیان» است. جابر از مردم خراسان بود. پدرش در طوس به داروفروشی مشغول بود که به وسیله طرفداران بنی امیه به قتل رسید. جابر بن حیان پس از قتل پدرش به مدینه آمد. ابتدا در نزد امام محمد باقر7 و سپس در نزد امام صادق7 شاگردی کرد. جابر یکی از افراد عجیب روزگار و از نوابغ بزرگ جهان اسلام است.

در تمام علوم و فنون مخصوصا در علم شیمی تألیفات زیادی دارد، و در رساله‌های خود همه جا نقل می‌کند که (جعفر بن محمد) به من چنین گفت یا تعلیم داد یا حدیث کرد. از اکتشافات او اسید ازتیک (تیزآب) و تیزاب سلطانی و الکل است.

وی چند فلز و شبه فلز را در زمان خود کشف کرد. در دوران «رنسانس اروپا» در حدود 300 رساله از جابر به زبان آلمانی چاپ و ترجمه شده که در کتابخانه‌های برلین و پاریس ضبط است.

حضرت صادق7 بر اثر توطئه‌های منصور عباسی در سال 148هجری مسموم و در قبرستان بقیع در مدینه مدفون شد. عمر شریفش در این هنگام 65سال بود. از جهت اینکه عمر بیشتری نصیب ایشان شده است به «شیخ الائمه» موسوم است.

حضرت امام صادق7 هفت پسر و سه دختر داشت.

پس از حضرت صادق7 مقام امامت بنا به امر خدا به امام موسی کاظم7 منتقل گردید. دیگر از فرزندان آن حضرت اسمعیل است که بزرگ‌ترین فرزند امام بوده و پیش از وفات حضرت صادق7 از دنیا رفته است. طایفه اسماعیلیه به امامت وی قائلند.