فخر رازی در باره آیه ولایت شبهه ای دیگری را مطرح نموده است، كه با این شبهه شأن نزول آیه را در باره علی7 زیر سوأل قرار می‌دهد. شبهه ای كه ایشان طرح نموده است این است كه، اگر آیه ولایت، دلالت بر ولایت علی7‌ نماید، تعارض بین آیه مزبور (آیه 55) وآیه 54 مائده واقع می‌شود. زیرا آیه مائده دلالت بر امامت ابو بكر می‌كند؛ اگر بنا شود كه این آیه دلالت بر امامت علی7‌ نماید تعارض بر قرار می‌گردد.

او می‌گوید: ما ثابت كردیم كه آیه 54 سوره مائده از قوی ترین دلایل بر صحت امامت ابی بكر است. اگر چنانچه آیه ولایت دلالت بر امامت علی نماید تناقض بین دو آیه به وجود می‌آید این تناقض باطل است پس بطور قطع این آیه دلالت بر امامت علی7 بعد از پیامبر نمی‌كند.

پاسخ این است که؛ از نظر علمای اهل سنت، امامت مقام الهی نیست؛ بلكه مقام عرفی است كه از طریق مراجعه به آراء مردم انتخاب و گزینش می‌شود، اعتقاد اهل سنت بر این است كه هیچ نصی نه در قرآن و نه در لسان رسول خدا در باره خلافت بعد از خودش وارد نشده است.