می‌گویند: دو نفر که با هم نزاع داشتند، برای رفع نزاع خود نزد شهید رفتند و از او خواستند که بین آن‌ها حکم نماید. شهید هم مطابق دستور شرع مقدس بین آن دو حکم نمود.

شخص محکوم نزد قاضی صیدا، از شهید ثانی سعایت کرد قاضی هم که به دنبال بهانه می‌گشت تا مزاحمتی برای‌شهید فراهم سازد. او از این فرصت استفاده کرد و به سلطان روم (ترکیه امروز که در آن موقع لبنان و سوریه هم جزو قلمرو حکومت آن بود) نوشت که: مردی بدعت گذار شیعی مذهب در دیار ما مردم را به تشیع دعوت می‌کند، اجتماع را به‌گمراهی گرایش می‌دهد و از مذاهب چهارگانه (مالکی، حنبلی، شافعی، حنفی) خارج است. سلطان وقت برای دستگیری و جلب شهید مأمورانی به جبل عامل فرستاد. شهید ثانی در آن زمان در میان تاکستان خود بیرون از قصبه(جباع) مشغول تألیف شرح لمعه بود مردم جبل عامل در پاسخ مأمورین سلطان گفتند: نامبرده مسافرت کرده است.

شهید وقتی از ماجرا باخبر شد، تصمیم گرفت که پنهانی به سفر حج مشرف شود. لذا محرمانه در محملی پوشیده به‌طرف مکه حرکت کرد. مأموران از مسافرت شیخ شهید باخبر شدند و به طرف مکه رهسپار شدند و آن بزرگوار را درمسجدالحرام دستگیر نموده و مدت چهل روز او را در مکه زندانی کردند. سپس او را با کشتی به طرف استانبول‌حرکت دادند. در بین راه ـ در کنار دریا سر از بدنش جدا نمودند و بدن شریفش را به دریا انداختند. بعضی گفته‌اند: چون مأمورین شیخ را دستگیر کردند او از آنان مهلت خواست، تا اعمال حج را به انجام برساند مأمورین قبول کردند. پس از فراغت حج او را به طرف استانبول حرکت دادند. در نزدیکی شهر شخصی از مأموران پرسید این شیخی که‌ همراه شماست کیست؟ مأموران گفتند: یکی از علمای شیعه است و باید او را جهت بازجویی به نزد سلطان ببریم. آن‌شخص گفت: اگر او را زنده به نزد سلطان ببرید ممکن است نزد سلطان از شما شکایت کند ـ که در بین راه او را اذیت‌کردید ـ واو هم در دستگاه سلطان طرفدارانی دارد که گفته‌اش را تأیید کنند و باعث هلاکت شما گردد. پس بهتر است او را در همین جا به قتل برسانید. مأموران پیشنهاد او را پسندیدند و او را کنار دریا برده و سر از بدنش جدا کردند و نزد سلطان بردند. سلطان از قضیه به شدت ناراحت شد و گفت چرا او را زنده نیاوردید و دستور قتل قاتل یا قاتلان شهید را صادر کرد.[1]

    دیــدی کـــه خــون نـاحق پروانه شمع را

                            چـندان امـان نـداد کـه شـب را سحـر کند

[1]. شهیداء الفضیله، علامه امینی، نقل از کتاب لؤلؤهٔ البحرین.