در این مرحله، بعد از آنکه صحت استناد و انتساب یک کتاب به نویسنده‌اش محرز شد و بعد از اینکه محتوای کتاب به خوبی تحلیل و بررسی شد، باید به تحقیق در این مورد بپردازیم که آیا مطالب و محتویات کتاب، فکر بدیع نویسنده‌‌ی آن است یا آنکه از اندیشه‌‌ی دیگران وام گرفته شده است. مثلاً در مورد دیوان حافظ بعد از طی مراحل شناخت سندی و شناخت تحلیلی، تازه باید ببینیم آیا حافظ این مطالب و افکار و اندیشه‌‌هایی را که در قالب کلمات و جمله‌‌ها و اشعار آورده و با زبان مخصوص خودش بیان کرده، از پیش خود ابداع نموده یا آنکه فقط الفاظ و کلمات و زیبایی‌ها و هنرمندی‌ها از حافظ است اما فکر و اندیشه از دیگری یا دیگران. به عبارت دیگر؛ پس از آنکه اصالت هنری حافظ محرز شد، باید اصالت فکری او نیز محرز شود.

این نوع شناخت درباره‌‌ی حافظ و یا هر مؤلف دیگری شناختی است از نظر ریشه‌‌ی افکار و اندیشه‌‌‌های مؤلف. چنین شناختی فرع بر شناخت تحلیلی است؛ یعنی اول باید محتوای اندیشه‌‌ی مؤلف دقیقاً شناخته شود، آنگاه به شناخت ریشه‌ای اقدام گردد. در غیر این صورت حاصل کار نظیر آثار برخی از نویسندگان تاریخ علوم می‌‌شود که از علوم سررشته‌ای ندارند و با این حال تاریخ علوم می‌‌نویسند. یا می‌توان از بعضی نویسندگان کتاب‌های فلسفی نام برد که مثلاً می‌‌خواهند درباره‌‌ی ابن سینا و ارسطو و وجوه تشابه و تمایز آنها بنویسند، اما متأسفانه نه ابن سینا را می‌‌شناسند و نه ارسطو را. اینان با اندک مقایسه به محض اینکه بعضی مشابهت‌های لفظی پیدا کردند فوراً به قضاوت می‌‌پردازند، حال آنکه در مقایسه باید به عمق اندیشه پی برده شود و برای اینکه عمق اندیشه‌‌ی متفکرانی چون ابن سینا و ارسطو درک گردد یک عمر وقت لازم است؛ وگرنه هر چه گفته شود تخمینی و تقلیدی و کورکورانه خواهد بود.

در بررسی قرآن و شناخت آن، بعد از آنکه مطالعه‌ای تحلیلی درباره‌‌ی قرآن به عمل آوردیم، آن وقت پای مقایسه و شناخت تاریخی به میان می‌‌آید، به این معنی که می‌‌باید قرآن را با تمام محتویاتش با کتاب‌های دیگری که در آن زمان وجود داشته و به خصوص کتاب‌های مذهبی آن زمان مقایسه کنیم.

در این مقایسه لازم است همه‌‌ی شرایط و امکانات را از قبیل میزان ارتباط شبه جزیره‌‌ی عربستان با سایر نقاط و تعداد آدم‌های باسواد که در آن هنگام در مکه زندگی می‌‌کردند در نظر گرفت، آنگاه ارزیابی کرد که آیا آنچه که در قرآن هست در کتاب‌های دیگر پیدا می‌‌شود یا نه، و اگر پیدا می‌‌شود به چه نسبت است؟ و آیا آن مطالبی که مشابه سایر کتاب‌هاست شکل اقتباس دارد یا آنکه مستقل است و حتی نقش تصحیح اغلاط آن کتاب‌ها و روشن کردن تحریفات آنها را ایفا می‌‌کند؟