عمارت اول: این آستانه مبارکه چون در مسیر اصلی راه سامرا نبود و با راه اصلی فاصله داشته، بر اثر نا امن بودن آن منطقه تا عصر صفویه متروکه مانده بود، لذا بطور دقیق از تاریخ بنای آن اطلاعی در دست نیست، جز اینکه در تعمیرات اساسی که در سال‌های 1379 - 1384 قمری در این آستانه انجام گشت و از قرائن و زير ساخت‌هاي بنا اهل اطلاع اظهار می‌دارند که عمارت اول این آستانه متعلق به قرن چهارم است که توسط عضد الدوله دیلمی انجام گرفته است.

عمارت دوم: در قرن دهم هجری، توسط شاه اسماعیل صفوی، پس از فتح بغداد انجام گشت که در آن هنگام قسمتی هم جهت سکونت زائرین که قصد زیارت سامرا را داشتند از این آستانه زیارت کرده و در آنجا توقف می‌نمودند.

عمارت سوم: در سال 1198 قمری، توسط ملا محمد رفیع فرزند محمد شفیع خراسانی تبریزی، به هزینه احمد خان دنبلی انجام گشت. سید حسن امین در دائرة المعارف الاسلامیه الشیعه به نقل از کتاب تحفةالعالم میرزا عبد اللطیف تستری آنرا عمارت اول ثبت کرده است.

عمارت چهارم: حدود 1208 قمری توسط شیخ زین العابدین کاظمی آل سلماسی انجام گرفت و گنبدی از گچ و آجر بر روی قبر شریف بنا شد و همچنین کاروان‌سرای بزرگی در جهت شرقی آستانه برای سکونت زائرین ایجاد گردید که قسمتی از هزینه آنرا احمد خان دنبلی تقبل کرد. این عمارت را شیخ ذبیح الله محلاتی در کتاب خود تاریخ سامرا به عنوان عمارت اول ثبت کرده و سید حسن امین به نقل از ماثر الکبراء شیخ ذبیح الله محلاتی، در دائرة المعارف الاسلامیه الشیعه عمارت سوم آستانه سید محمد ثبت نموده است.

عمارت پنجم: در 1244 قمری توسط ملا محمد صالح بزغانی قزوینی حائری و با نظارت سردار حسن خان و حسین خان قزوینی انجام گشت که تمامی عمارت سابق را خراب نمودند و آستانه مجللی با گنبد بزرگ کاشی‌کاری بنا کردند، که شروع آن در سال 1244 قمری و پایان آن عمارت در سنه 1250 قمری بود. تارخ مذکور بر روی سنگ مرمر به خط ثلث در دو طرف ایوان آستانه نصب است. سید حسن امین بر آنست که در سال 1250 قمری سردارحسین خان آن را تعمیر نموده و این عمارت در سال 1310 قمری توسط میرزا حسین نوری تعمیر گشت و قسمت‌هایی از کاشی‌کاری گنبد که ریخته بود مرمت شد و تاریخ آن در پیشانی گنبد ثبت شده و هشت حجره در جنوب صحن شریف جهت سکونت زائرین احداث گردیده بود. پس از هجرت میرزای شیرازی به سامرا، در یکی از مسافرت‌‌های میرزا که همراه شاگردانش پیاده از سامراء به آستانه سید محمد مشرف گشتند تعمیراتی انجام داده و چند حجره به حجرات صحن افزودند. سپس میرزا محمد تهرانی عسکری صحن شریف را توسعه داد و حجراتی بدان اضافه نمود.

در عصر مرجعیت حاج آقا حسین قمی جمعی از مردم ایران اموال زیادی جهت تعمیر آستانه سید محمد ارسال داشتند و مخصوصا بین سال‌های 1380 تا 1384 قمری این آستانه به شکل باشکوهی تکامل یافت. عمارت جدید دارای صحن مربع شکل به ضلع 150 متر است و در وسط صحن شریف حرم مطهر واقع است که گنبد کاشی‌کاری آن نظر هر بیننده را به خود جلب می‌دارد. محیط گنبد حدود 50 متر و ارتفاع آن 45 متر است و در کنار آن مناره‌‌ای به ارتفاع 40 متر در سال 1379 قمری برافراشته‌اند. در مقابل حرم یک ایوان مسقف با ستون‌‌های باشکوه خودنمایی می‌کند. حرم مطهر با کاشی‌کاری و آیینه کاری هنرمندان ایرانی مزین شده و آیتی از هنر اسلامی را منعکس می‌کند. قبر مطهر در وسط حرم واقع است و بر روی آن صندوق نفیس و ضریح نقره نصب است.[1]

[1]. دایرهٔ المعارف تشیع جلد یک (آب - احیاء) زیر نظر؛ احمد صدر حاج سید جوادی، بها الدین خرمشاهی، کامران فانی 1383 چاپ پنجم نشر شهید سعید محبی، صفحه 98 .