آیت‌الله آخوند ملاعلی همدانی نسبت به ختم صلوات بر حضرت زهرا3 هم خودشان اهتمام زیادی داشتند و هم به غالب اطرافیان و شاگردان ختم صلوات را تأکید می‌فرمودند. اشخاص زیادی هم از این ختم حاجت گرفتند.
کیفیت ختم را آیت الله آخوند ملاعلی; این‌گونه می‌فرمودند که: هرکس گرفتاری دارد پانصد و سی مرتبه بگوید: «اللهمَّ صَلِّ علی فاطمهَ و أبِیها و بَعلِها و بَنیها و السِّرِّ المُستودُعِ فیها بعَدَدِ ما اَحاطَ بِه عِلمُک».
آیت‌الله صابری می‌گوید: «من اجازه نقل این روایت را از ایشان خواستم. اجازه دادند و فرمودند: به هرکه می‌خواهی هم اجازه بده و آخوند در تأثیر این ختم اجازه را شرط می‌دانست».
درباره سند این ذکر و دستور؛ باید گفت این دعا با این متن و دستور در هیچ یک از منابع روایی و حتی کتب قدما دیده نشده و حتی وقتی مدرک آن را از مرحوم آخوند می‌پرسیدند، ایشان می‌فرموده از سینه علی بن ابراهیم (خود آخوند) نقل کنید و گویا به خود ایشان الهام شده است.
مرحوم آیت‌الله العظمی مرعشی در حاشیه عروه می‌نویسد: و من الادعیه التی اَکَّد ارباب کتب السنن بقرائتها فی القنوت ما ارویه عن والدی العلامه و غیره عن العلامه جمال الناسکین الحاج السید مرتضی رضوی الکشمیری بطرقه ان سیدتنا الزهراء البتول3 روحی لها الفداء کانت تدعوا بهذا الدعاء: «اللهم انی اسئلک بفاطمه و ابیها و بعلها و بنیها و السر المستودع فیها ان تصلی علی محمد و آل محمد و ان تفعل بی ما انت أهله برحمتک یا أرحم الراحمین» و قال ان هذا دعاء الملائکه فی قنوتاتهم.[1]
آیت‌الله زنجانی درباره کیفیت استخاره نقل می‌کنند:
«مرحوم آخوند ملاعلی; فرمودند: از آقا احمد قمی کیفیت استخاره را سؤال کردم، ایشان فرمود: بعد از گفتن بسم‌الله این دعا را بخوان: اللهم صل علی فاطمه و ابیها و بعلها و بنیها و السر المستودع فیها اسالك ان تصلی علی محمد و آل محمد اللهم صل علی محمد وآل محمد ، بعد قرآن را باز کن، هر چه آمد وحی منزل است. و من به جهت جلالتِ قدر آقا احمد، مدرکش را از ایشان نپرسیدم».[2]
البته نماز استغاثه به حضرت زهرا3 در کتب متعدد مانند مفاتیح الجنان و بحارالانوار و ...[3] ذکر شده است.
می‌فرمود: رازی که در وجود حضرت زهرا3 نهفته است[4] آیا وجود مهدی موعود امام زمان4 است، یا ولایت و اسراری که در باطن صدیقه اطهر3 به عنوان ودیعه نهاده شده است. این همان حقیقتی است که امام باقر7 در زمان بیماری‌اش متوسل به آن حقیقت می‌شود و صدا می‌زند: «یا فاطمه بنت رسول الله3»[5] والله العالم.
[1] . غایه القصوی، ج1، ص584.
[2] . مجله نور علم، شماره46 ص76 ؛ فروغ فقاهت، ص22 در مستدرک آمده «وَ لِبَعْضِ الْعَارِفینَ دُعاءُ مُشْتَمِلٌ عَلَی قَوْلِه اللّهُمَّ رَبَّ الْکَعْبَةِ وَ بَانِیَهَا وَ فاطِمَةَ وَ أبِیهَا وَ بَعْلِهَا وَ بَنِیهَا نَوِّرْ بَصَرِی وَ بَصیرَتی وَ سِرِّی وَ سَرِیرَتِی وَ قَدْ جُرِّبَ هَذَا الدُّعَاءُ لِتَنْوِیرِ الْبَصَرِ وَ أنَّ مَنْ ذَکَرَهُ عِنْدَ الِاکْتِحَالِ نَوَّرَ اللهُ بَصَرَها» مستدرک الوسائل، ج1 ص446.
[3]. عوالم، ج11، ص1145.
[4]. آیت‌الله العظمی وحید در درسشان معنای سر مستودع را می‌فرمود: پدرش سرّ است، شوهرش سرّ است، فرزندانش سرّاند، خودش سرّ است، قبرش سرّ است، قدرش سرّ است، سرّ در سرّ است.
[5]. فی حدیث: «أَنَّهُ كَانَ إِذَا وُعِكَ اسْتَعَانَ بِالْمَاءِ الْبَارِدِ فَيَكُونُ لَهُ ثَوْبَانِ ثَوْبٌ فِي الْمَاءِ الْبَارِدِ وَ ثَوْبٌ عَلَى جَسَدِهِ يُرَاوِحُ بَيْنَهُمَا ثُمَّ يُنَادِي حَتَّى يُسْمَعَ صَوْتُهُ عَلَى بَابِ الدَّارِ يَا فَاطِمَةُ بِنْتَ مُحَمَّد» کافی، ج8 ص109.
