در روز جمعه، اول ماه رجب سال 1357 هجری، در شهر مدینه، فرزندی متولد شد که او را محمد نامیدند. مادرش فاطمه دختر امام حسن(ع) و پدرش امام سجاد(ع) بود. از این جهت، نخستین امامی بود که هم از نظر پدرو هم از نظر مادر، فاطمی و علوی بود. چند سال از زندگی خود را همراه جد بزرگوار خویش، امام حسین(ع) سپری کرد و در واقعه کربلا، چهر سال و در هنگام وفات پدر بزرگوارش، 39 سال داشت. مدت امامت آن حضرت هجده سال و در ایام امامت خویش، با ولید بن عبدالملک، سلیمان بن عبدالملک، عمر بن عبدالعزیز، یزید بن عبدالملک و هشام بن عبدالملک هم عصر بود. در زمان خلافت هشام، سال 114 هجری در 57 سالگی به شهادت رسید و در قبرستان بقیع، در کنار پدر و جد مادری خود امام حسن مجتبی(ع) دفن شد.
با این که آغاز امامت آن حضرت با خلافت ولید بن عبدالملک همراه بود و در شرایط نامساعد اجتماعی قرار داشت، اما توانست نهضتی علمی را پایه گذاری کندکه تا آن زمان، در اسلم بی سابقه بود. معارف پردرج اسلام، به خاطر ممنوعیت نشر احادیث که تا آن زمان نیز ادامه داشت، کم کم به دست فراموشی سپرده میشدو محصولات وابستگان به خلفای وقت، جایگزین آنها میشد؛ ولی امام باقر(ع) با دوراندیشی و تحمل مشکلات بسیار، توانست مقدمات تأسیس یک دانشگاه بزرگ اسلامی را پایهریزی کند آن حضرت که در تمام صفات والای انسانی، سرآمد روزگار خود بود، توانست شیفتگان علم و فضیلت را سراسر جامعه اسلامی آن روز، دور خود جمع کند و آنقدر ورایات واحادیث و آثار علمی در زمینه مسائل و احکام و تفسیر و تاریخ اسلم و انواع علوم از ایشان به یادگار مانده که ازهیچ یک از امامان معصوم، جز فرزند بزرگوارش امام صادق(ع) دیده نشده است. گروهی از اصحاب پیامبر(ص) و تابعین و دیگر طالبان علم، از محضر درس او بهره میگرفتند که شیخ طوسی(ره) در رجال خود، نام 468 نفر از آنان را آورده است. بسیاری از بزرگان اهل سنت، همچون ابوحنیفه، مالک بن انس، حمد بن ادریس شافعی، زیاد بن منذر نهری، اوزاعی زهری و ابن مبارک، از محضر درس آن حضرت، استادههای فراوان بردهاند. کتابها و نوشتههای دانشمندان و مفسران و مورخان اهل تسنن، همچون طبری، خطیب بغدادی، ابونعیم اصفهانی و کتبی مانند: «موطأ» مالک، سنن»، بن داوود، «مسند»، ابی حنیفه، «مسند» مروزی، «تفسیر نقاش»، «تفسیر زمخشری» و دهها کتاب دیگر که از مهم ترین کتب اهل تسنن هستند، سرشار از سخنان ارزشمند آن حضرت میباشند.
امام باقر(ع) از دوران کودکی، شکافنده دانشها شناخته شده بود؛ تا آن جا که در ستایش دانش او، شاعران، قصیدهها سروده و نویسندگان، قلمفرساییها کرده اند. مردم، به ویپه دانشوران، شیفته نام و آوازه او بوده اند واین علاقه در بین مردم عراق، بیشتر به چم میخورد. هشام بن عبدالملک ـ خلیفه وقت ـ او را در مسجدالحرام دیدغ در حالی که بر دست غلامش تکیه کرده بود. از او پرسید: آیا او همان کسی است که مردم عراق بهتزده علماش هستند؟ غلام پاسخ داد: آری. خلیفه به غلام دستور داد امام را برای پاسخ به پرسشهای خلیفه فرخواند. خلایفه پرسشها را مطرح کرد. امام به گونهای پاسخ دادکه هشام خاموش ماند و هیچ نگفت. (بحارالانوار، ج 46، ص 332)
امام باقر(ع) در زمانی زندگی میکرد که از یکسو، نقل و کتابت احادیث پیامبر ممنوع شده بود و از سوی دیگر، احادیث ساختگی، دهان به دهان میگشت.
فرقههای گوناگون سر برآورده و دین را با سلیقه خود تعریف میکردند. یهودیان و مسلمانانی که یهودی بوده و ناگزیر، اسلام را پذیرفته بودند، دین را به سمت آموزههای تحریف شده یهودی بردند. تجمل و خوشیخواهی در میان مسلمانان رایج شده بود؛ در حالی که بحران اقتصادی گریبانگیر جامعه بود و فضاهای تنگ سیاسی، مزید بر علت. در این میان، امام باقر(ع) میکوشید فهم درستی از دین ارائه دهد. احادیث پیامبر و امامان پیشین را احیا کند، از انحرافات جلوگیری نماید و این اهداف، پایه گذاری نهضتی بزرگ را میطلبیدکه امام باقر(ع) با تربیت شاگردانی فراوان از اقصا نقاط جامعه اسلامی به آن همت گماشت و فرزند بزرگوارش، آن را به بار نشاند.
شبهاتی عظیم درباره خداوند در ذهن مردم بود که درباره او، اندیشه مرئیت، جسمانیت، تشبیه و غیره قائل بودند. بخش مهم از اوقات تدریس و تعلیم امام باقر(ع)، صرف این شد که اعتقادات مربوط به توحید را در مردم اصلاح کند.(علی قائمی، فجر دانشها، انتشارات امیری، چاپ اول، زمستان 1376، ص 352)
این امام بزرگوار، مبانی عقیدتی و باورهای دینی جامعه اسلامی را استوار کرد به نقد و تخطئه اندیشههای انحرافی و باورهای نادرست راه یافته در قلمرو اسلامی پرداخت. فرهنگ فقهی و احکام شریعت را گسترش داد، با روهای غلط در کار اجتهاد و استنباط احکام فقهی مبارزه کرد، جامعه شیعی را به سوی اندیشههای ناب اسلامی هدایت فرمود، تشکیلات شیعی را از خطر انهدام و نابود شدن در زیر چرخهای حاکمیت استبدادی امویان حفظ کرد و به جامعه اسلامی در زمینههای عبادت، زهد، کار و تلاش، علم، اخلاق و حضور مفید و سازنده در اجتماع، الگوهای عملی را شناساند.(امام باقر، جلوه امامت در افق دانش، تحقیق گروه تاریخ اسلام، نگارش: احمد ترابی، انتشارات آستان قدس رضوی، چاپ دوم، 1375، ص 22)